爲了獲得更多收入，咖啡種植者一直在致力於生產更高質量的產品。但是要得到高質量的咖啡豆就意味着需要更好了解生物過程——開花，成熟等——這些決定了產品的最終品質。

很多化合物(糖、脂肪、咖啡因等)決定了咖啡質量。它們在咖啡豆中的含量是決定性因素。其中蔗糖在咖啡的感官品質方面起着最重要作用，因爲蔗糖在烘焙過程中的分解會產生多種芳香及其它味覺。

從2001年開始，CIRAD以及巴西的IAPAR開始聯合研究咖啡豆的成熟過程。他們發現了一種蔗糖代謝的決定性酶，在巴西Campinas大學支持下，科學家用分子生物學和生物化學技術進行了研究。結果顯示，這種蔗糖合成酶決定了咖啡豆中蔗糖的沉積。蔗糖合成酶有至少兩種存在形式，分別由兩種不同基因編譯得到：SUS1和SUS2。

科學家分析了成長中咖啡豆的多種組織中這些基因的表達。結果顯示，SUS2決定了在成熟過程中的蔗糖沉積。而SUS2則和蔗糖分解以及能量產生相關。研究的另一部分則是基因的多樣性，這能解釋不同的咖啡種類之間爲什麼會存在差異。這有利於確認蔗糖的含量，最終影響咖啡的品質。

以上研究結果目前已經得到了應用。科學家發現，生長在陰影中的咖啡的蔗糖合成酶及蔗糖磷酸鹽合成酶活性更高。而這些咖啡的最終品質還可能和其它因素有關，例如脂類物質等。