主要使用天然的方法,如使用咖啡果皮、果肉、樹枝、樹葉等做天然堆肥等方法來維護咖啡樹之成長;在控制蟲害方面使用純天然的生物控制方法，像是種植防護樹，以及利用其他各種自然的農作技術來確保咖啡樹的健康。

　　有機咖啡會在樹蔭下種植，雖然在樹蔭下種植的方法產量不高，但是其品質卻可達到極品咖啡的水準。這是由於能遮蔭的樹下可以減緩咖啡樹的成熟，給予咖啡充分的成長，使其含有更多的天然成份、更上乘的口味和較少的咖啡因。這些種植咖啡的方式有利於維持一個健康的環境和保持地下水的純淨。土地、水源以及自然生態環境的永續性是有機咖啡從業者所積極關注的。

　　主要有機咖啡認證組織

　　<1>.美國農業部有機認證 (USDA ORGANIC)

　　美國最權威的有機認證是美國農業部的USDA標準。USDA的標準極爲苛刻，產品包裝上印有USDA標識的產品是官方認證100%使用了有機成份。

　　USDA具體標準如下：

　　1、使用成份不含任何化學合成物質，如化肥，殺蟲劑，抗生素，食品添加劑以及轉基因動植物。

　　2、使用成份所生長的土壤，至少三年以上沒有使用過化學合成物質。

　　3、定期檢查生產和銷售記錄

　　4、保持有機認證產品的嚴格物理隔離

　　檢驗有機產品的生產設施廠房

　　全部是由有機成份的產品可以使用標籤註明“100%有機”或使用USDA徽標

　　使用超過70%有機成份的產品可以稱作“使用有機成份製造(Made with Certified Organic ingredient.)”，但不能使用USDA徽標。

　　<2>.雨林聯盟認證(Rainforest Alliance Certified )

　　雨林聯盟認證是指：符合“雨林聯盟”訂立標準的農場，聯盟會對該農場及其周邊的生態系統進行保護，對農藥的使用進行限制，並對廢棄物管理等基準進行評估，唯有通過評估並被認證的咖啡，才能稱爲“雨林聯盟認證咖啡”。

　　其中對於咖啡的認證基準規定：採用原生林樹蔭下栽培的傳統耕作法，有益於保護生態系統的耕作方法。聯盟所獲部分收益亦用於熱帶雨林動物保護區的野生動物保護，勞工生活改善等。

　　達到“熱帶雨林聯盟”訂立基準的農園，雨林聯盟會對該農園及其周邊的生態系保護，農藥使用上的限制，廢棄物管理等基準進行評估，唯有通過該基準並被認證的咖啡，才能稱爲“熱帶雨林聯盟認證咖啡”。此外，其部份收益亦用於熱帶雨林動物保護區的野生動物保護，勞工生活福祉等

　　<3>.UTZ優質咖啡認證

　　UTZ機構是一家獨立組織，認證世界上的各種優質咖啡，認證範圍涵蓋了從咖啡種植到烘焙的每個生產步驟。該組織設定的標準，規定了怎樣以對社會和環境負責的方式生產咖啡。支持在咖啡的生產過程中將水、化肥、農藥的使用量降到最少。同時給咖啡農以支持，努力提高其生產率。