很多人都有一個誤解認爲咖啡存放在冰箱裏便會是一個最好的保存方法，其實在道理上是成立的，但請細心再想一想，每次將咖啡從冰箱內拿出來，用完後又再放回去，從冰箱裏拿出來的一出一入過程當中，咖啡會受到不同冷熱的溫度影響而受潮，可能原本是一個好的保存方法而因操作不當變成了一個壞方法。如果真的是要將咖啡放在冰箱內，最好將咖啡逐一分成小份，每次飲用的時候便拿一包去煮制，咖啡便可以保存它的鮮味。

咖啡豆在烘焙後便會產生了一個氧化的過程，會自動釋放二氧化碳。良好的咖啡烘焙商人會將剛烘焙好的咖啡豆實時放進大麻包袋內“焗”12-24小時令咖啡豆心膨脹，以釋放出咖啡的香油，然後再放進密封存儲罐內，再包裝去發售。一般放在超市內的包裝都會採用“抽真空”的方法，打進“氮氣”，還有利用“單向透氣閥”等方式去保存。

一般咖啡豆的保存期可以有一年，而咖啡粉則可能是6-9個月，而開啓飲用後，儲存的時間會比較短，但也要看儲存方式而定。

“抽真空”顧名思義是以真空機將包裝內的氣體抽取出，令殘餘的二氧化碳及空氣不可以留下，但同時間亦會抽掉一些咖啡香氣。“抽真空”的方法可以儘量保存咖啡的味道，保存的時間亦會比較長久。打進“氮氣”是令咖啡內的空氣吹走，方法是利用氮氣包圍着咖啡豆的香氣作原味的保存。而“單向透氣閥”是將咖啡內的二氧化碳由包裝袋內放出，並防止了空氣或其它氣體從外層進入包裝袋內從而影響了咖啡的味道。

最好的保存方法是將原袋裝咖啡放入一些密封保鮮袋內，再放入一個可以有緊密蓋子的密封瓶內，只須放在暗涼的儲存櫃，最重要是附近不能夠有發熱的地方，如焗爐或冰箱旁等地方，以免咖啡受熱而令咖啡再次膨脹而釋放二氧化碳。如果有朋友買了咖啡後，必須要細看包裝上的說明，因爲如果咖啡在密封儲存時打進了“氮氣”，咖啡在飲用前要最少透風1小時纔可以煮制，否則味道會怪怪的。