除了獲得國際公平貿易認證，合作社使用有機農法，以保護當地水源生態爲目標。此永續農法也獲得美國、歐盟及日本有機認證。能夠得到認證，證明這產品符合有關商標的原則與規定。別以爲這很容易，要獲得有機認證，特別系歐盟的認證，需要通過一系列的嚴格監控和規定。
就歐盟認證來說，擁有此商標（如圖示）代表以下幾點：
該產品中最少95%的農產材料是有機的
在生產上受法律嚴格監控，嚴格限制抗生素、化學農藥和化肥在過程上的使用
有機耕作嚴格限制食品添加劑、加工助劑及其他添加。
產品含少於0.9%的經基因改造的生物
以上幾點真正代表著什麼？作爲普通人的我們，選擇
有機咖啡豆在生活上有什麼影響或轉變？其實，單單對於個人健康的正面影響已值得我們支持有機咖啡了。咖啡是植物應該大家也知道，而受法規嚴格監控下所生產的農作物，零污染和天然無害當然較可信賴。少了人爲添加的東西，咖啡的原來味道就來得更純粹，對身體的損害亦能減少。
除了對個人健康有正面影響，對於自然環境、生態、人民關懷方面的影響也是好多於壞。在歐美地區的人民如此欣賞和支持有機產品，原因除了更健康，還有就是表達對我們所在環境的關懷。像Kopepi Ketiara咖啡農合作社一樣，她們以可持續的方式生產，過程尊重自然及環境，這使合作社也在保護環境的情況下持續發展。能夠持續發展，也表示合作社的女性成員能有更多的發展機會，而合作社也能夠繼續帶來優質的咖啡。這個正面的循環對整個生態可謂百利而無一害。
有機認證這個制度，最被詬病的大概是下面兩項：
（1）很多標明“有機認證”的咖啡，實際上卻不符合規定。舉例而言，美國農業部（USDA）的督察員通常一年只到咖啡園視察一天，而且只要無人檢舉，一般都不會去作土壤檢測（soil test）或組織檢測（tissue test），至於檢測之外的日子，只有咖啡農自己知道有沒有作違規的事。
（2）認證費用太高。以哥斯達黎加爲例，3～4公頃的咖啡園，認證年費要700美元，這還只是哥斯達黎加的本國認證；如果另外申請美國農業部（USDA）的認證，費用就更高了。所以有些貧窮的咖啡小農，其種植方式明明合乎“有機”的一切規定，卻因爲繳不起年費而拿不到認證；反過來說，也不乏已經拿到認證的莊園，實際上卻名不符實。
除了上面被批評得最多的這兩點，當然還有一些其他缺失，例如經常發生的，檢測員收受賄賂，放寬檢測標準之類，這裏就不再討論了。
有機咖啡豆，雖然推廣起來充滿艱難，但從長遠看，仍是一條必須要走的道路。尤其近幾年地球暖化速度加劇，咖啡也受到很大沖擊，不少原本適合種植咖啡的地區，條件開始轉劣。專家指出，有機農業，對暖化現象本來就有緩解作用，而咖啡的有機耕作，特別是種植蔭樹這一點，更是減緩地球暖化的好對策之一。我衷心希望有那麼一天，所有咖啡都是有機咖啡，那麼至少不會像今天這樣，當我面臨“好風味”和“有機”卻只能二選一的時候，常常會下了決定，卻在心頭浮上一絲內疚的感覺。
［注1］1953年，美國科學家Norman Borlaug在墨西哥育出“奇蹟麥”，生產量爲傳統麥種的五倍，使墨西哥和印度從小麥進口國轉爲出口國（Borlaug因此獲得1970諾貝爾獎）；1968年，國際大米研究中心（IRRI），在菲律賓育出“奇蹟米”，產量至少增爲原來的2.5倍。
［注2］蔭樹對於咖啡樹有諸多好處，例如，
（1）擋掉多餘的陽光；
（2）保護土壤及水源；
（3）蔭樹下的涼爽環境可以減少蟲害；
（4）土地深處的礦物質，可以透過枯枝和落葉帶到地面，增加表土肥份；
（5）提供鳥類和蝙蝠棲息環境，抑制部分害蟲數量；
（6）可以降低咖啡果實周邊的溫度，因而減緩果實成熟的時間，孕育出較多風味。
［注3］人工製造的除草劑和殺蟲劑從來就不便宜，舉個近年的實例：2007至2008，此類產品在全球許多地區之漲幅都超過一倍。
［注4］有例外。例如，夏威夷有名的咖啡產地，Kona，因爲每天都有自然形成的雲層遮蔽適量陽光，就是不需要蔭樹的少數種植區。
