在植物分類學上，咖啡是茜草科家族的咖啡屬(Genus Coffea)，底下有至少一百個咖啡品種。

在下曾在“健康人生”發帖《愛上精品咖啡》中提到：比較常見的咖啡有阿拉比卡(Arabica，風味優雅，是精品咖啡主力)和羅巴斯塔(Robusta，或稱粗壯豆，風味粗糙，咖啡因含量高，不屬精品咖啡)兩大種類。

除此兩大種類之外，還有兩小種類，分別是Liberica(樹體高大，主要生長在馬來西亞和非洲西部)和Excelsa;但這兩小種類在市場上非常少見(連正式的中文譯名都沒查到)。

阿拉比卡還有許多亞種，皆是由埃塞俄比亞最古老的鐵比卡(Typica)和也門的波旁(Bourbon)移植中南美洲或亞洲後變種衍生而來;品種繁多，不勝枚舉。但精品咖啡主要指用心栽培的高海拔阿拉比卡，種類就不算太多。大致分類列舉如下。

古老原生種：

鐵比卡(Typica)：埃塞俄比亞最古老的原生品種，所有阿拉比卡皆衍生自鐵比卡。鐵比卡頂葉爲古銅色，豆體呈橢圓形或瘦尖形;風味優雅，但體質較弱，抗病力差，產果量少。牙買加藍山、蘇門答臘曼特寧、夏威夷可娜等優秀的莊園豆都屬於鐵比卡。

波旁(Bourbon)：早期(咖啡史前)鐵比卡移植到也門後的變種，豆形從瘦尖變成圓身。1715年，法國移植也門摩卡的圓身豆到非洲東岸的波旁島(法國大革命後改稱留尼旺島Reunion)後才起名波旁。波旁圓身豆1727年輾轉傳到巴西和中南美洲、1732年英國移植也門摩卡到聖海倫娜島(後來囚禁拿破崙的地方)也是波旁圓身豆。波旁是美洲精品咖啡杯測的常勝軍。

鐵比卡頂葉爲古銅色是特徵之一

基因突變種

尖身波旁(Bourbon Pointu)：1810年在波旁島發現，豆體從圓身變爲尖身，咖啡因含量只有一半;但量少體弱，極爲珍貴(多在實驗室培育)。

象豆(Maragogype，或Elephant Bean)：鐵比卡最知名的變種豆，1870年最先在巴西東北部Bahia州的Maragogype產豆區發現，豆體比一般阿拉比卡至少大三倍，因而得名。象豆在低海拔區風味差，但高海拔風味較佳、酸味溫和、甜香宜人。

藝妓(Geisha)：屬鐵比卡家族的衍生品種，1931年從埃塞俄比亞南部Geisha山(Geisha與日文“藝妓”同音)輸出，經過很多國家都默默無聞，1960年代移植巴拿馬，到2005纔開始在杯測賽中頻頻勝出。

肯尼亞“SL28”和“SL34”：二十世紀初法國、英國傳教士和研究人員在肯尼亞篩選、培育出來的波旁嫡系，百年來已適應肯尼亞的高濃度磷酸土壤，孕育出肯尼亞特色的酸香精靈;頂級肯尼亞咖啡都是出自這兩個品種，但移植其它地方卻即走味。

黃色波旁(Bourbon Amarello，或Yellow Bourbon)：巴西聖保羅州特有的波旁變種，成熟後咖啡果子不會變紅，呈橙黃色。後來發現當地其它波旁衍生品種也有果皮變黃的。

卡杜拉(Caturra)：波旁的單一基因變種，1950年代在巴西發現。長能與抗病力比波旁佳，且不需遮陰樹;風味與波旁不相上下或稍差。

帕卡斯(Pacas)：在薩爾瓦多發現的波旁變種，1935年薩爾瓦多咖啡農帕卡斯移植名種波旁，到1956年發現結果量高於其它同種咖啡樹，請專家鑑定後確定發生了基因突變。

Villa Sarchi：1960年代最先在哥斯達黎加發現的波旁變種，近年常出現在杯測優秀榜內。

從左到右：肯尼亞圓豆，象豆，肯尼亞AA

阿拉比卡種內雜交(Intraspecific Hybrid)

新世界(Mundo Novo)：波旁與蘇門答臘鐵比卡自然雜交的品種，最早在巴西發現。產量高，耐病蟲害，1950年代在巴西大量種植，被譽爲巴西咖啡業的新希望;但樹較高，不易採收。

卡杜艾(Catuai)：新世界與卡杜拉的混血品種;樹矮，抗風，但風味較單調。

帕卡瑪拉(Pacamara)：帕卡斯(Pacas)與象豆(Maragogype)的雜交品種，豆體碩大僅次於象豆，是薩爾瓦多1950年代配出的優良品種，近年杯測成績不錯。

肯特(Kent)：印度發現的鐵比卡混血品種，產量高，抗病力強，但未曾在杯測取得好成績。

阿拉比卡與粗壯豆雜交(Interspecific Hybrid)

提摩(Timor)：在東帝汶發現的自然混血品種，染色體44條，較接近阿拉比卡;但風味平淡無奇。

卡提摩(Catimor)：1959年，葡萄牙人將巴西卡杜拉與提摩混血，培育出抗病力強的卡提摩。但風味也較差，目前是商用豆的重要品種。

伊卡圖(Icatu)：巴西多代雜交改良的品種，曾進過巴西“超凡一杯”前十名。

魯依魯11(Ruiru 11)：1985年肯尼亞研究出來的重產量不重質量的混血品種。

阿拉比卡和粗壯豆雜交的品種，到目前爲止還沒有能算是精品咖啡的;所以在很多專做精品咖啡新鮮烘焙的供應商，如fresh等都沒有這些種類。然而，很多即使是進口名品咖啡供應商，卻有些把這種雜交豆混入拼配豆(Blend)之中，以降低成本。

另外，從上述基因突變種(不論是自然還是科研產物)，其風味都與特定的地域條件有很大的關係。即使在同一個國家，不同的莊園出產的咖啡豆也可能相差深遠。例如：牙買加國寶級的Wallenford莊園藍山，就比牙買加特級高山藍山貴一倍以上。